Daihaseisai se está acercando a Ciudad Academia. Un joven, Kamijou Touma, y ​​la hermana que memorizó por completo 103.000 grimorios, como de costumbre, están disfrutando de su tiempo después de la escuela. Sin embargo, Kamijou toca accidentalmente algo que es de Necessarius , y Stiyl Magnus de la Iglesia del Mal Necesario ataca a Kamijou. Un mago ha irrumpido en Ciudad Academia, y esa es la razón por la que Stiyl vino, para eliminar a la persona. Una cábala mágica basada en la mitología india, conocida como la Puerta de los dioses que vienen de los cielos , fue formada por magos que aborrecen la ciencia. El hechizo mágico, Festival de fuego de Agni fue colocado en Ciudad Academia con el objetivo de una destrucción masiva. Stiyl y Kamijou entran en acción para rastrear, ¿luego se encuentran con una chica marrón con un uniforme de marinero con mucha exposición ...? Cuando la ciencia y la magia se cruzan, la historia comienza.