La Tercera Guerra Mundial que el miembro final del Asiento a la Derecha de Dios, una organización secreta de la Iglesia Católica Romana, Fiamma provocó desde Rusia ha terminado gracias a los esfuerzos de Kamijou Touma. Con esto, él desapareció. Este es un mundo donde Kamijou Touma no existe. Con el Lado de la Magia reagrupándose, el Sabbath y sus seguidores han llegado. En los cuarteles generales del Lado de la Ciencia, Ciudad Academia, el Esper Nivel 5 más fuerte Accelerator se ha lavado las manos de la Oscuridad. Al lado de Misaka Worst, pasa tanto ruidosos como suaves, días calmados. No hay señal de GROUP. El Skill-Out Nivel 0 Hamazura Shiage, con los materiales negociados que adquirió en Rusia que pertenecen a la Oscuridad, ha regresado y formado el nuevo ITEM junto con Kinuhata, Takitsubo, y Mugino y han comenzado con sus operaciones. La paz finalmente ha llegado a las manos de los antiguos alumnos del Lado Oscuro de la ciudad, sin embargo, un nuevo mal se presenta ante ellos.