La historia comienza cuando la región de Hyrule se encuentra en estado de miedo debido a los sucesos extraños que han ocurrido en los últimos días. En una noche de tormenta, la Princesa Zelda y las doncellas del santuario temen que dichos sucesos indiquen que el precinto de V...  La historia comienza cuando la región de Hyrule se encuentra en estado de miedo debido a los sucesos extraños que han ocurrido en los últimos días. En una noche de tormenta, la Princesa Zelda y las doncellas del santuario temen que dichos sucesos indiquen que el precinto de Vaati se está debilitando. Zelda convoca a Link y lo lleva al castillo para que la proteja junto a las doncellas mientras abren el portal del Santuario de la espada cuádruple. Cuando lo hacen, sin embargo, una figura oscura surge del portal. Esta figura es Link Oscuro, quien inmediatamente rapta a las doncellas y las encierra en cristales. Link lo sigue y recupera la espada cuádruple, que divide a su portador en cuatro clones, para destruir esta versión malvada de sí mismo. Cuando lo hace, Vaati es liberado y causa estragos otra vez sobre el pacífico reino.1