En Seasons, la Trifuerza teletransporta a Link a la tierra de Holodrum, donde presencia como Onox secuestra a Din, el «Oráculo de las Estaciones». En Ages, la Trifuerza lleva a Link a la tierra de Labrynna, donde Nayru es secuestrada por Veran. El argumento principal se revela...  En Seasons, la Trifuerza teletransporta a Link a la tierra de Holodrum, donde presencia como Onox secuestra a Din, el «Oráculo de las Estaciones». En Ages, la Trifuerza lleva a Link a la tierra de Labrynna, donde Nayru es secuestrada por Veran. El argumento principal se revela una vez que el jugador completa ambos juegos. El jugador controla a Link desde una perspectiva arriba-abajo, usando los controles básicos idénticos a los empleados en The Legend of Zelda: Links Awakening para Game Boy. Link está armado con una espada y un escudo, así como una amplia variedad de armas secundarias y objetos para luchar contra enemigos y resolver rompecabezas. El objeto central de cada uno de los dos juegos es el «Cetro de las Estaciones», que permite manipular las estaciones de Holodrum, y el «Arpa de los Tiempos», que permite a Link viajar a través del tiempo en Labrynna. Link deberá reunir las ocho «Esencias de la Naturaleza» y las ocho «Esencias del Tiempo», escondidas en varias mazmorras y custodiadas por jefes, para obtener el poder para penetrar en el Castillo de Onox en Seasons y la Torre de Veran en Ages.