Sola cuenta la historia de Yorito Morimiya, el protagonista principal, un muchacho que se encuentra en el instituto. Le encanta tomar fotografías del cielo cualquier día del año y en cualquier momento. En uno de esos días, decide ir a la bahía y tomar una foto del alba, enco...  Sola cuenta la historia de Yorito Morimiya, el protagonista principal, un muchacho que se encuentra en el instituto. Le encanta tomar fotografías del cielo cualquier día del año y en cualquier momento. En uno de esos días, decide ir a la bahía y tomar una foto del alba, encontrando allí a una chica golpeando un expendedor de refrescos porque se había tragado su dinero sin darle la bebida (una lata de zumo de tomate). Yorito la ayuda a obtener su zumo de tomate mientras conversa con ella, olvidando su idea de tomar la fotografía, pero tras sacar la lata, y antes de que Yorito se de cuenta, ella desaparece. Al siguiente día, Yorito va a visitar al hospital a su hermana mayor Aono junto con su amiga Mana Ishizuki y la hermana pequeña de ésta Koyori Ishizuki. Olvidando que es el cumpleaños de Aono, Yorito se retira en seguida para ir a tomar unas fotografías de la puesta de sol cerca de una antigua iglesia. Esa noche se dirige a comprar alimentos cuando empieza a llover por lo que decide detenerse en una parada de autobús, y mientras espera que pare la lluvia se encuentra nuevamente con la extraña chica que conoció el día anterior. Esta vez conversan largo tiempo, descubriendo así el nombre de la joven: Matsuri Shihō. Pocos días después, Yorito va a buscar a Matsuri a la vieja iglesia, encontrándose allí con un hombre con una espada (Takeshi) que también la está buscando. Tras observar los poderes especiales que posee Matsuri, Yorito descubrirá que ella es una criatura conocida como Calamidad de la Noche 夜の禍 (Yoru no Wazawai?) y que ha vivido durante siglos. Takeshi Tsujidou la persigue con la intención de matarla pero Yorito intentará protegerla pidiéndole que de ese momento en adelante permanezca en su casa.