La historia se sitúa en el año 21XX, 6 meses después de los sucesos ocurridos en Rockman X1, X como nuevo capitán de la brigada de rescate realiza misiones de salvar todo tipo de vidas inocentes, una vez jurado nunca más volver a hacer uso de su Buster, decide sellar sus poderes para así evitar el sufrimiento de volver a perder gente preciada para él. Sin embargo, debido a los presentes incidentes ocurridos, y tras el regreso de Sigma, X se ve obligado a retractarse de su decisión, y adentrarse por segunda vez al siniestro mundo de las guerras Maverick, luchando para proteger a la humanidad y al planeta entero.