Año 21XX, Dio inicio la rebelión Maverick liderada por Sigma, X es gravemente lastimado en batalla contra Vile por lo que pasa gran parte del tiempo recuperándose y Zero cuidando de él y los demás sus alrededores en la Hunter Base. Por mientras Vile aprovecha el tiempo para hacer de las suyas y pasearse por cada zona destrozando y acabando con todo Maverick y Maverick Hunter presente en su camino. Cuando X se recupera tiempo después ayuda a Zero a revisar las áreas tomadas por Mavericks dándose la sorpresa que solo quedan sus restos y el chip de su habilidad especial intacto en ellos. Poco tiempo a pasado y Vile se encuentra con X y Zero dentro del imponente Palacio de Sigma. ¿Qué pasará con el encuentro de estos 3? ¿Como afectará que X la falta de experiencia en combate a muerte contra sus ex-compañeros? ¡Todas las respuestas son dadas en cada pagina de esta emocionante historia!