Un adolescente que quedó huérfano a temprana edad regresa a la ciudad de su infancia, Iwatodai. Poco después de ser transferido a la escuela preparatoria Gekkoukan, es atacado por Shadows (Sombras), criaturas que se alimentan de la mente de sus víctimas. Este ataque despierta su Persona interior, Orpheus, su única oportunidad para vencer a estas criaturas de la noche. Pronto descubre que otros estudiantes de la escuela también tienen ese poder. De ellos aprende todo sobre la Dark Hour (Hora oscura), una hora oculta que separa un día del siguiente; y que sume al mundo en las sombras. Todo se paraliza, dejando campar a sus anchas a todas las sombras. El protagonista se une al grupo Specialized Extracurricular Execution Squad (Unidad Extraescolar Especializada en Ejecuciones -de sus misiones-, SEES), y con sus compañeros, lucha contra la amenaza de las sombras, y a la vez que exploran el Tartarus, una extraña y gigantesca torre repleta de peligros en la que se transforma la escuela durante la Dark Hour.