La historia se centra en un adolescente huérfano llamado Natsume Takashi. Natsume en apariencia sólo es un chico normal, pero tiene la habilidad de ver espíritus, un poder heredado de su abuela, Reiko. Tras su muerte, Reiko deja en herencia a su nieto entre sus pertenencias El...  La historia se centra en un adolescente huérfano llamado Natsume Takashi. Natsume en apariencia sólo es un chico normal, pero tiene la habilidad de ver espíritus, un poder heredado de su abuela, Reiko. Tras su muerte, Reiko deja en herencia a su nieto entre sus pertenencias El Libro de los Amigos, un libro que contiene los nombres de los espíritus que Reiko había intimidado para firmar un contrato donde se apoderaba de sus nombres y así los convertía en sus seguidores, quedando subyugados a su voluntad y perdiendo su libre albedrío. El Libro de los Amigos es un elemento muy apreciado en el mundo de los espíritus ya que da a quien lo posea poder sobre los contratados, y por ello estos acosan a Natsume constantemente algunos buscando su libertad y otros el poder del libro. Ahora Natsume está determinado a disolver dichos contratos y liberar a los espíritus que vienen a pedirle su ayuda; pero eso no significa que no existan espíritus malignos que traten de matarlo. Aquí es donde aparece Madara (apodado Nyanko-sensei por Natsume); Madara sirve como guardaespaldas y asesor espiritual de Natsume, a pesar de que está motivado por su propio deseo de poseer el Libro de los Amigos cuando Takashi muera. Sin embargo, más tarde su relación se va haciendo más cercana.