La historia de Mardock Scramble nos sitúa en la piel de Rune Ballot, una joven prostituta a quien su ultimo dueño quema viva en el interior de un coche.Pero casualmente, un joven doctor en bioingeniería llamado Shell, decide rescatarla. Este, a su vez toma la determinación de usar todos sus recursos tecnológicos para convertirla en una especie de Cyborg sin voz aparente, ya que ha de recurrir a los aparatos electrónicos que la rodean para que se la pueda oír.Ballot, unida a un simpático ratón multiforme llamado Oeufcoque que de hecho también es un robot, intentara por todos los medios vengase de aquellos que intentaron quitarle la vida.