En abril de 2097, Tatsuya y Miyuki Shiba avanzan al tercer año al dar la bienvenida al nuevo año académico. La estudiante de primer año destacada de la primera preparatoria de magia este año es Mitsuya Shiina, directa de la familia Mitsuya de los Diez clanes maestros. ¿Ella y su amigo de la infancia y compañero de segundo curso, Yaguruma Saburou, desatarán nuevos problemas en la escuela? Mientras tanto, en América del Sur, el ejército brasileño utiliza magia de clase estratégica para eliminar la guerrilla, resultando en un gran número de víctimas. Esta noticia sacude a personas en todo el mundo, dando lugar a movimientos anti-magia en diversas regiones y afectando incluso a los estrategas mágicos y a los Trece Apóstoles a nivel global...