En la Japón Feudal, las gemelas semidemonio Towa y Setsuna se ven separadas la una de la otra durante un incendio en el bosque. Towa acaba encontrándose con un misterioso túnel que la traslada a la Japón del presente. Diez años más tarde el túnel que conecta dos eras distintas vuelve a abrirse, permitiendo a Towa reunirse con Setsuna quien parece haber perdido todos los recuerdos que tenía de su hermana mayor. Junto a Moroha, la hija de InuYasha y Kagome, viajarán en el tiempo a través de dos eras distintas por tal de recuperar un pasado perdido.