Después de ser herido por el profesor Teshigawara, Eikichi está siendo tratado en el hospital. Como ha ocurrido antes en la serie madre, el se escapa. Al tomar parte en un programa de televisión, dijo sin pensarlo demasiado que iba a enterrar a uno de sus estudiantes, Kanzaki, pensando que estaba muerta (como se relata en Great Teacher Onizuka). La declaración provoca alboroto y caos en el Instituto Kissho, Eikichi decide refugiarse en la ciudad donde pasó su juventud (como se relata en Shonan Junai Gumi). Allí conoció a un profesor, Ayame Shiratori, que como él se ocupa de los niños difíciles, que pertenece sin embargo, a diferencia de su caso, a un orfanato. El protagonista, impresionado por la historia y la belleza de la maestra, decide ayudarla. En los días en que Onizuka se queda en el orfanato donde trabaja Shiratori, hay atrevidas persecuciones y peleas épicas, en las que el maestro tiene que hacer malabares.