Solía haber un niño que podía controlar a Yo-kai con un reloj misterioso. Sin embargo, no pudo ver a Yo-kai cuando se convirtió en adulto. Con los deberes del niño terminados, el reloj fue enterrado en el espacio-tiempo. Luego, 30 años después, la tranquila vida cotidiana llega a su fin como un fatídico día que comienza con un cometa acercándose. El terrible virus Yo-kai Onimaro infecta las intenciones malévolas de las personas y se propaga infinitamente. El elegido por Yo-kai Watch es el que puede salvar a la humanidad de su crisis. El vínculo entre humanos y Yo-kai puede recuperarse con la obtención de un nuevo Yo-kai Watch.