En un futuro desconocido, la Tierra muere. Un inteligente ingeniero conocido como Y, logra revivir la Tierra utilizando engranajes y diversos mecanismos. Así, el mundo es rebautizado como Clockwork Planet, con nuevas ciudades siendo construidas dentro de los engranajes del mismo planeta. Un millar de años más tarde, Naoto Miura, un estudiante y amante de las máquinas que vive en el gear de Kioto, encuentra con una caja que contiene el cuerpo roto de una autómata. Utilizando su sentido superior de la audición, Naoto arregla a la autómata, la cual se llama RyuZU y revela que ha estado rota por más de 200 años. RyuZU le promete lealtad a Naoto y los dos entablan amistad. Más tarde, ambos se encuentran con dos personas tratando de encontrar RyuZU: la Dra. Marie Bell Breguet, la persona más joven en convertirse en un meister, un grupo de maestros ingenieros; y su guardaespaldas, Vainney Halter. Un mes después de su encuentro, los cuatro aparecen en Akihabara, Tokio, convirtiéndose ahora en los terroristas más infames del mundo..