En un futuro cercano, una repentina e inexplicable subida del mar ha dejado bajo el agua a gran parte de la civilización humana. Ikaruga Natsuki, un chico que perdió a su madre y su pierna en un accidente unos años antes, regresa desilusionado de una vida dura en la gran ciudad para encontrar su antiguo hogar en el campo medio tragado por el mar. Sin familia, todo lo que tiene a su nombre es el barco y el submarino que le dejó su abuela oceanóloga, y sus deudas. Su única esperanza de recuperar los sueños de futuro que ha perdido es aprovechar una oportunidad que le presenta la sospechosa cobradora de deudas Catherine. Se embarcan para buscar las ruinas hundidas del laboratorio de su abuela con el fin de encontrar un tesoro que, según los rumores, ella dejó allí. Pero lo que encuentran no son riquezas ni joyas; es una extraña chica que yace dormida en un ataúd en el fondo del mar. Atri. Atri es un robot, pero su aspecto y su riqueza de emociones engañarían a cualquiera haciéndole creer que es un ser humano vivo y que respira. En agradecimiento por haber sido rescatada, hace una declaración a Natsuki. “Quiero cumplir la última orden de mi maestro. Hasta que lo haga, ¡seré tu pierna!” En un pequeño pueblo que está siendo lentamente envuelto por el océano, un verano inolvidable está a punto de comenzar para este chico y esta misteriosa chica robot…