Yu-Gi-Oh! GX cuenta la historia de Jūdai Yūki, un chico normal que ingresa en la Academia de Duelos (デュエル・アカデミア, Dyueru Akademia?) fundada por Seto Kaiba.[3] Una vez allí, Jūdai conoce a Syrus Truesdale y a Chumley Huffington, quienes a partir de entonces ...  Yu-Gi-Oh! GX cuenta la historia de Jūdai Yūki, un chico normal que ingresa en la Academia de Duelos (デュエル・アカデミア, Dyueru Akademia?) fundada por Seto Kaiba.[3] Una vez allí, Jūdai conoce a Syrus Truesdale y a Chumley Huffington, quienes a partir de entonces se convierten en sus amigos inseparables.[4] Para poder ganar el derecho de estar en la academia, Jūdai, como había llegado tarde había tenido que enfrentarse con Vellian Crowler, y una vez que lo hubo vencido había quedado en el dormitorio Slifer Rojo (オシリス・レッド, Oshirisu Reddo?), el cual es para los duelistas más débiles. El Ra Amarillo para los prometedores (ラー・イェロー, Rā Ierō?) y el Obelisk Blue (オベリスク・ブルー, Oberisuku Burū?) es para los estudiantes privilegiados.[5] Más tarde, Jūdai tiene que enfrentarse a numerosos oponentes con ayuda de sus amigos para poder salvar al mundo de la destrucción.