Todo comienza cuando un estudiante de bachillerato, Kazuki Muto (武藤カズキ Mutō Kazuki?) es asesinado al intentar salvar a una misteriosa chica que vestía un uniforme extraño, de un monstruo gigante. Aunque al despertar piensa que todo fue un sueño, pronto descubre que ...  Todo comienza cuando un estudiante de bachillerato, Kazuki Muto (武藤カズキ Mutō Kazuki?) es asesinado al intentar salvar a una misteriosa chica que vestía un uniforme extraño, de un monstruo gigante. Aunque al despertar piensa que todo fue un sueño, pronto descubre que todo era cierto y que aquella chica lo revivió utilizando como reemplazo de su corazón un artefacto con poderes alquimicos llamada Kakugane. A partir de este momento Kazuki se involucra en el mundo de la alquimia y deberá decidir entre dejar ese recuerdo en el pasado o dedicar su vida a pelear contra las bestias devora-humanos llamadas homúnculos.