3×3 Eyes sigue las aventuras de Pai, la última de los Sanjiyan Unkara, una raza de seres inmortales y eternamente jóvenes, quien busca la manera de convertirse en un ser humano. Pai tendrá como compañero a Yakumo quien al morir al poco tiempo de conocerla, se convertirá en su Wu (lectura en chino de 无) o compañero inmortal. En esta búsqueda, encontrarán a muchos servidores del ahora muerto Rey Demonio Kaiyanwang, quienes no perderán oportunidad para intentar asesinar a Pai, o quedarse con sus poderes para resucitar al dios, y/o alcanzar la inmortalidad.